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新药发现阶段高通量ADME钻研

2017-08-28
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在最近的十几年内,药物发现和开发的周期越来越长、成本越来越高 。药物发现和开发的周期越来越长、成本越来越高 。在西方国度,开发并上市一个新化合物实体必要10~15年功夫,破费超过8亿美元 。每10000个新化合物实体中,约有10个能进入临床钻研阶段,但最终只有一个可能获批上市 。即便已上市的药物,也可能因出现不成接受的不良反映而撤市 。因而,新药研发是一个"高风险、低效能"的过程 。创新药物的研发过程通常由3个阶段、4个步骤组成:

① 靶点的发现、确证与评价(药物发现阶段);

先导化合物的发现与优化(药物发现阶段);

③ ADMET(吸收、散布、代谢、渗出和毒性)、PK、PD钻研(临床前钻研阶段);

④ 临床试验(药物开发阶段) 。

为了推动更多药物成功上市,通 D芄徊扇×街执胧阂皇窃龀ど秆』衔锏氖,但这一方式受到经费、功夫、资源和研发规模等前提的限度;二是提高新药研发的成功率,例如选取合理的药物设政战术,以及在药物发现阶段提前发展ADMET钻研等 。相比之下,提高研发成功率更受到研发机构和造药企业的器重 。

1990年的一项回首性钻研发现,临床阶段失败的候选药物中,约40%是由于药代动力学方面的问题所导致 。造药行业逐步意识到,即便候选药物拥有优良的靶点活性和选择性,若是其ADME个性无法满足类药性要求,最终仍难以开发成为真正的药物 。因而,钻研人员将正本处于药物发现后期的ADME钻研提前至药物发现早期阶段,以便尽早裁减不切合类药性要求的化合物,从而提高研发成功率 。经过数十年的发展,2000年的统计了局显示,临床阶段失败药物中因PK问题导致裁减的比例已显著降落 。

在药物发现阶段发展ADME钻研时,面对的重要问题蕴含:必要测试的化合物种类极为重大(这重要得益于组合化学和平行合成技术的发展)、所涉及的尝试项目繁多,而单个化合物可供测试的样品量却极度有限 。因而,必要对现有测试步骤进行微量化、自动化和高通量刷新,使化合物测试速度可能与组合化学的合成速度相匹配 。

ADME钻研

此表,在尝试流程设计方面,为了加快新药研发过程,钻研人员逐步选取平行(parallel)操作模式,将有关钻研同步发展 。传统上多选取挨次(serial)钻研模式,即实现一项尝试后再发展下一项尝试,这种方式效能较低 。将来的发展方向是将虚构化合物库筛选与平行操作相结合,利用成立的构效关系,在无需现实合成化合物的情况下,对虚构化合物库进行筛选,从而大幅节俭研发资源并加快药物发现速度 。

在药物研发过程中,ADME钻研重要蕴含三类步骤:虚构步骤(in silico)或推算步骤(computational method)、体表步骤(in vitro)以及体内步骤(in vivo) 。这三类步骤各有其优弊端 。

利用高通量筛选技术能够急剧甄别先导化合物,但通过组合化学构建的化合物库,首先是存在结构多样性差的问题,这降低了化合物开发的成功率;其次是化合物的类药性差,使大量的化合物在ADME筛选期间被裁减,增长了尝试成本 。从前的20年,固然药物发现阶段的新技术层出不穷,但每年上市的新化合物实体却没有内容性增长 。另表,目前所成立的高通量测定步骤无数与所试验的化合物结构类别有关,并不拥有齐全的通用性 。

一、虚构筛选步骤

只管目前已经开发出很多体内和体表微量化、轻便化及自动化的尝试步骤,并在分析功夫、劳动强度以及化合物处置数量等方面得到显著改善,但尝试步骤仍存在耗时长、成本高以及必要预先合成候选化合物等问题 。虚构筛选步骤可作为一种代替战术,用于预测候选化合物的ADME特点,且拥有高通量或超高通量的优势 。

(一)幼肠吸收预测

口服吸收与药物在胃肠路内容物中的溶化度、解离度以及逾越胃肠路细胞膜的能力亲昵有关 。因而,化合物的理化性质是决定其幼肠通透性的重要成分 。提高药物口服吸收的预测步骤重要蕴含以下几种:

1. 基于Lipinski的五规定(role of five)步骤 。

在化合物结构中,将N和O原子视为氢键受体,而将N—H、O—H基团视为氢键供体,并通过软件推算辛醇/水分配系数ClogP 。若一个化合物满足以下两项以上前提:

● 氢键供体数>5

● 氢键受体数量>10

● ClogP>5

● 分子量(MW)>500Da

则该化合物会被象征为存在开发风险,其将来成药性可能存在问题 。该步骤不合用于存在自动转运机造的口服药物吸收预测 。

2. 基于Lipinski“五规定”结合亲脂性与分子大幼的步骤

该步骤同样基于Lipinski“五规定”,并结合化合物的亲脂性及分子大幼信息,对化合物口服吸收过程中的被动扩散能力进行预测 。通过将化合物的内涵亲脂性参数ClogD(思考生理pH前提下的解离情况)与反映分子大幼的参数——推算分子折射率(calculated molecular refraction,CMR)进行作图分析,可将化合物划分为4个象限 。

其中,第1和第3象限中的化合物拥有合适的亲脂性,可能较容易地进行跨膜转运;第2象限中的化合物分子较幼且亲水性较强,可通过细胞间隙吸收;而第4象限中的化合物由于分子量较大且亲水性较强,跨膜吸收较作难题 。因而,可凭据化合物地点象限对其通透性进行预测 。

3. 基于分子极性表表积(PSA)的步骤

选取分子极性表表积(polar surface area,PSA)作为药物吸收的预测指标 。钻研批注,PSA及分子量与通过Caco-2细胞模型获得的表观通透性参数之间拥有优良的有关性 。

(二)血脑樊篱(BBB)通透能力预测

在新药发现阶段,对于作用于中枢神经系统的药物,通常要求其拥有肯定的血脑樊篱(BBB)透过能力;而对于作用于表周组织的药物,则要求其BBB透过能力尽可能低,以削减中枢神经系统不良反映 。因而,必要对候选药物透过BBB的能力进行预测 。

Van de Waterbeemd提出了一种BBB通透性预测步骤:当化合物的分子量(MW)< 450 Da、极性表表积(PSA)< 90 ??时,通常以为其拥有较好的BBB透过能力 。但该步骤未思考P-gp表排转运体的影响 。

(三)代谢不变性的预测

为了获得最佳生物利用度,药物不仅必要拥有优良的吸收个性,还必要具备适当的代谢不变性 。目前钻研批注,化合物的脂溶性、分子大幼与状态,以及所含官能团的类型和地位,均会影响药物在体内的不变性 。其底子原因在于化合物的结构是否可能进入P450酶的结合与催化位点 。

据报路,目前虚构筛选步骤的预测正确率约为60%~90%,且所选取的经验模型与化合物训练集亲昵有关 。将来仍需选取更多结构多样化的化合物对模型进行验证,同时进一步说明体内ADME机造,并成立基于机造的预测模型 。

二、体表步骤

在从前十多年中,体表步骤已被宽泛利用于药物通透性、生物利用度、代谢不变性、药物相互作用以及药物理化性质等方面的钻研与评价 。体表步骤的利益重要体此刻以下两个方面:一方面,可通过微量化、自动化等技术伎俩成立高通量或中等通量筛选模型;另一方面,可利用起源于人体的组织、细胞或有关生物组分隔展钻研,从而削减人类与动物之间的种属差距,提高药物研发的成功率 。

然而,体表钻研不足体内环境中的血流、生化因子及多种转运蛋白等复杂影响成分 。此表,在化合物配造过程中使用的有机溶剂,可能覆盖药物在体内的真实溶化个性,并影响药物代谢酶的活性 。

(一)幼肠吸收的评价模型

药物经口服给药后,需首先经过胃部的低pH环境,随后进入十二指肠和幼肠,在溶出开释后通过幼肠上皮细胞吸收入血循环 。幼肠上皮细胞对药物的吸收重要蕴含4种方式:跨细胞转运、细胞间旁路转运、载体介导的摄取以及载体介导的表排 。

目前已开发出多种用于评价药物口服吸收的体表模型,常见的蕴含Caco-2细胞模型、MDCK细胞模型以及PAMPA人为膜模型 。其中,PAMPA模型重要用于评价药物通过被动扩散方式的吸收,属于高通量钻研步骤;而Caco-2细胞模型和MDCK细胞模型则属于相对低通量的步骤 。

(二)代谢不变性钻研

药物进入体内后,作为表源性物质,会经历由药物代谢酶介导的生物转化过程 。固然某些存在于幼肠上皮细胞中的P450同工酶(如CYP3A4)也可导致药物发生首过效应,但肝脏仍是体内最重要的代谢器官 。

肝脏中存在多种药物代谢酶,蕴含Ⅰ相代谢酶,如P450酶以及非P450酶类(如酯酶、黄素依赖性单加氧酶和单胺氧化酶等);还蕴含Ⅱ相代谢酶,如葡萄糖醛酸转移酶和磺基转移酶等 。其中,P450酶是体内最重要的药物代谢酶系 。

在P450同工酶中,CYP1A2、CYP2A6、CYP2B6、CYP2C9、CYP2C19、CYP2D6、CYP2E1及CYP3A4等均与药物代谢亲昵有关 。其中,CYP3A4是P450酶系中含量最高、参加药物代谢比例最大的同工酶,参加代谢的药物约占总代谢药物数量的50% 。

代谢不变性是药物的重要性质之一 。对于代谢不变性较差的药物,通常必要频仍给药,能力维持有效医治浓度 。

由于药物代谢存在显著的种属差距,因而在药物研发阶段,选取起源于人体的组织或细胞进行钻研,其了局通常更靠近临床现实情况 。在酶代谢不变性钻研中,常用的体表评价系统重要蕴含人肝微粒体和肝细胞 。钻研批注,人肝微粒体中P450酶的组成及比例与肝组织较为靠近,且其易于保留,合用于高通量代谢不变性钻研;而肝细胞则含有齐全的代谢酶系统,无需额表增长辅助因子,但存在保留功夫较短、起源受限等问题 。

(三)理化参数简直定

在药物发现阶段,候选化合物的理化参数(如溶化度、解离常数和亲脂性等)会影响药物的吸收、散布、代谢与渗出,因而有必要在药物发现早期对这些参数进行系统测定 。目前,已经开发出多种高通量理化参数测定步骤 。

1. 溶化度

经典的溶化度测定步骤为摇瓶法 。由于测定过程中必要达到鼓和状态,因而尝试周期较长(最长可达7天),且样品亏损量较大,不合用于高通量钻研 。随后,人们开发了多种高通量溶化度测定步骤,其中在药物发现阶段较常用的蕴含比浊法和紫表吸收(UV)测定法 。这两种步骤每天可测定数百个化合物的溶化度 。

2. 亲脂性

亲脂性是指化合物或其部门基团对脂相环境的亲和能力,通常以化合物在两相系统中的分配行为暗示,例如正辛醇/水分配系数 。亲脂性可用于预测药物的膜通透性及代谢不变性 。

通常而言,化合物的亲脂性越强(如logD > 5),其膜通透性通常越高,也越容易在体内被肝药酶代谢;而亲水性较强的化合物(如logD < 0),则较难透过细胞膜,并更容易经肾脏渗出 。通常情况下,梦想药物的logD值多位于0~3之间,从而在溶化性与亲脂性之间达到较好的平衡 。

常用的亲脂性测定步骤蕴含摇瓶法,其道理是将待测化合物溶化于缓冲液中,并参与一种与水不互溶的有机溶剂 。待系统达到平衡后,分离两相,并测定化合物在水相和有机相中的浓度 。在特定pH前提下测得的部门化离状态下的分配系数通常以logD暗示;若测定系统中的化合物不发生解离(如中性化合物),则所得了局以logP暗示 。

高通量亲脂性测定步骤重要蕴含HPLC法,通过测定化合物在流动相与非极性固定相(如C18键合相)之间的分配行为,并以保留功夫反映其亲脂性;此表,还可选取基于96孔板的紫表吸收测定步骤 。

3. 解离度

化合物的解离杜仔助于相识其在分歧pH前提下的解离状态 。当pH = pKa时,化合物约有一半处于解离状态 。由于胃肠路及体内分歧组织环境拥有分歧的pH值,因而会影响药物的解离状态,进而影响其溶化度、亲脂性、吸收个性以及与蛋白的结合能力 。

传统的pKa测定步骤重要为电位滴定法,但该步骤通量较低、样品需要量较大,每天通常只能测定约10个化合物 。另一种步骤为毛细管电泳法,其样品需要量较少,但通量同样较低,每天约可测定10个化合物 。

目前,高通量测定步骤重要选取光谱梯度分析法(spectral gradient analysis,SGA) 。该步骤可结合96孔板进行分析,每天的检测通量可达到240个化合物 。

为了评估药物之间潜在的相互作用风险,造药行业通常选取以下步骤发展有关尝试 。

(四)药物相互作用钻研

由于药代动力学有关的药物相互作用,已有多种药物被撤市 。此类相互作用重要涉及两种机造:酶抑造和酶诱导 。

1. 代谢酶的鉴定

明确参加药物体内代谢的关键酶,有助于评估待测药物与酶抑造剂或诱导剂之间的相互作用风险 。例如,若是某种药物重要经CYP3A4代谢,则其可能与CYP3A4抑造剂(如酮康唑、红霉素和伊曲康唑等)或诱导剂(如利福和善苯妥英等)发生药物相互作用 。

在药物相互作用钻研中,可选取肝微粒体、重组表白的代谢酶系统以及肝细胞等体表模型 。利用重组表白的代谢酶系统可鉴定参加药物代谢的具体酶种;通过将肝微粒体与特异性P450同工酶抑造剂结合使用,也可揣摩有关代谢酶;而利用人肝细胞与抑造剂结合钻研,则有助于确定药物的代谢蹊径,由于肝细胞不仅含有Ⅰ相代谢酶,还含有Ⅱ相代谢酶 。

2. 候选化合物对关键药物代谢酶抑造作用的评价

若某化合物可能抑造药物代谢酶,则可能与该酶底物药物发生药物相互作用 。钻研中通常选取肝微粒体结合特异性底物进行酶抑造尝试,并凭据测定得到的IC50或Ki值评估药物相互作用风险 。

此表,也可利用重组表白的代谢酶系统或肝细胞发展有关钻研 。该类钻研通 ?裳∪「咄可秆》绞浇 。

3. 酶诱导潜力评价

若某药物可能诱导肝细胞中过度表白某种代谢酶,则其可能与该代谢酶的底物药物发生相互作用 。此类钻研通常必要选取活体原代肝细胞进行,尝试周期通常为2~4天,因而属于低通量钻研步骤 。

另一种常用步骤是选取PXR-reporter细胞系进行钻研,以提高尝试通量 。目前已知PXR(pregnane X receptor)是CYP3A4诱导剂的重要受体 。当药物与PXR结合后,可激活相连的reporter基因,从而提醒该药物可能为CYP3A4诱导剂 。

此表,还需关注由药物转运蛋白介导的药物相互作用 。同时,应对酶抑造机造进行分析,以分辨竞争性酶抑造和机造依赖性酶抑造 。据报路,机造依赖性酶抑造更容易引发临床药物相互作用 。此表,对于Ⅱ相代谢酶抑造作用的钻研也应予以器重 。

三、体内步骤

在药物发现阶段,动物体内钻研在给药剂量、采血功夫点以及尝试动物数量等方面,与药物开发阶段的体内钻研存在较大差距 。在这一阶段,体内钻研的重要主张在于优化先导化合物,并结合体表钻研了局,为候选化合物的进一步开发提供凭据和建议 。

体内钻研通常拥有通量低、耗时长、样品需要量大及钻研成本较高档特点,但由于其具备体表钻研所无法齐全仿照的血流动力学、生理生化因子及整体机体环境蹬装响成分,因而仍是新药研发过程中不成或缺的重要环节 。

为了提高体内钻研的通量,通常采取两种战术:一是提高样品分析速度,二是削减样品采集量 。

(一)提高样品分析速度

在体内钻研中,通常必要测定大量生物样品,因而提高分析速度是提升钻研通量最常用的步骤之一 。样品分析步骤重要蕴含HPLC和LC-MS/MS 。由于待分析化合物的结构差距较大,因而所成立的步骤必要具备较高的活络度和专属性 。

传统HPLC步骤由于步骤开发周期较长、样品前处置步骤复杂,难以满足高通量分析需要 。相比之下,LC-MS/MS因拥有活络度高、专属性强以及样品处置轻便(生物样品通常仅需进行蛋白沉淀处置)蹬着点,在样品分析中的利用日益宽泛 。但该步骤仍存在基质效应滋扰的问题 。

另一种提高分析速度的步骤是选取在线(online)固相萃 。╯olid phase extraction,SPE)技术,实现样品处置自动化 。但该步骤仍存在步骤开发较为繁琐、整体分析功夫较长等不及 。

此表,还可选取湍流流动色谱(turbulent flow chromatography)技术提高分析通量 。该技术可直接对血清、尿液等生物样品进行分析,而无需复杂前处置 。其他提高分析速度的步骤还蕴含选取MUX?系统进行并行LC-MS/MS分析 。通 ?赏笔褂4根色谱柱,并顺次将各色谱柱流出液导入MS/MS离子源中 。与单根色谱柱的LC-MS/MS系统相比,该步骤的分析速度可提高近4倍 。

在色谱柱选择方面,为缩短分析功夫,可选取填料粒径更幼的短色谱柱 。选取此类色谱柱的液相色谱技术通常称为急剧分离液相色谱 。例如,使用细粒径短柱(2.1 mm × 20 mm,填料粒径为3 μm或更 。⑼ㄓ眉本缣荻认赐亚疤幔ㄓ谢嘣2 min内由5%升至95%,流动相中含0.035%~0.05%三氟乙酸、0.1%甲酸或10 mmol/L乙酸铵)以及高流速(1~5 mL/min)等前提时,可将单个样品的分析功夫缩短至约30 s 。

(二)削减样品数量

在体内钻研中,可选取盒式给药(cassette dosing)的步骤削减样品数量:将几种药物合用,一次取样即可通过 LC-MS/MS 同时测定各药物的浓度 。该步骤的重要争议在于可能存在药物相互作用 。

另一种步骤是将数个含有分歧药物的样品混合后一起测定;此表,也可将给药后分歧功夫点的血样等量混合,以粗略估计药物在体内的 AUC 。

必要强调的是,应成立与测定速度相匹配的数据处置系统,并利用相应软件将数据天生便于决策者阅读和分析的汇报 。

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